Préparation du colorant de chargement ADN
Ce guide décrit la préparation d'un colorant de charge pour l'ADN à une molarité définie pour une utilisation en laboratoire.
Le colorant de charge pour ADN sert à suivre la migration de l’ADN dans les gels d’agarose ou de polyacrylamide.
Colorant de charge pour ADN 6X – Composition
| Nom | Formule | Concentration | CAS |
|---|---|---|---|
| Tris-Cl (pH 7.6) | C₄H₁₁NO₃ | 10 mM | 77-86-1 |
| EDTA | C₁₀H₁₆N₂O₈ | 60 mM | 60-00-4 |
| Orange G | C₁₆H₁₀N₂Na₂O₇S₂ | 0.4% (w/v) | 1936-15-8 |
| Bleu de bromophénol | C₁₉H₁₀Br₄O₅S | 0.25% (w/v) | 115-39-9 |
| Xylène cyanol FF | C₂₅H₂₇N₂NaO₆S₂ | 0.25% (w/v) | 2650-17-1 |
| Ficoll 400 | (C₁₂H₂₂O₁₁)n·(C₃H₅ClO)n | 15% (w/v) | 26873-85-8 |
Stérilisation et conservation
- Stérilisation : non nécessaire.
- Conservation : répartir en aliquotes dans des tubes de 1 mL ; 4 °C ou −20 °C.
Conseils
- Il existe de nombreuses formulations de colorant de charge pour ADN ; un seul exemple est présenté ici.
- Avant l’ajout des colorants (jusqu’à l’étape 4), la solution peut paraître incolore à jaunâtre et trouble.
- Lors de la préparation de petits volumes (par exemple 10 mL), vérifier qu’aucun résidu de solution ne reste sur les parois ou le bouchon du tube avant d’ajuster le volume.
- Utiliser un récipient adapté et, si possible, réaliser toute la procédure dans le même récipient, car la solution est visqueuse et difficile à pipeter.
- Les concentrations des colorants peuvent être ajustées : bleu de bromophénol et xylène cyanol FF 0.03%–0.50% (w/v) ; Orange G 0.15%–0.50% (w/v).
- Des concentrations élevées de colorants améliorent le contraste visuel mais peuvent masquer les bandes d’ADN qui comigrent ; utiliser des concentrations plus faibles lorsque des fragments d’ADN comigrants sont attendus.
- Le Ficoll 400 peut être remplacé par 60% (v/v) de glycérol ou 40% (w/v) de saccharose ; les solutions de saccharose doivent être congelées.
- Les colorants de charge contenant du Ficoll aident l’ADN à s’enfoncer plus efficacement dans l’agarose, mais sont plus coûteux.
- Les colorants de charge tricolores indiquent mieux la résolution des fragments d’ADN, mais sont plus coûteux.
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